? 22 de julio
? 12:00 – 13:00 UTC
Ponente: matthew baston
Denominación: Vicerrectores Senior Fellow
Afiliación: The Hub for Biotechnology in the Built Environment, Departamento de Ciencias Aplicadas, Facultad de Ciencias de la Salud y la Vida, Universidad de Northumbria, Newcastle upon Tyne, Reino Unido
El Dr. Matthew Bashton es el bioinformático principal del equipo COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) en la Universidad de Northumbria. Su charla describirá la configuración del software y el entorno utilizado en Northumbria para entregar su solución de genómica COVID-19, variante y clasificación de linaje, incluidas las tuberías desarrolladas, así como otras herramientas en uso dentro de COG-UK. El equipo de Northumbria ha secuenciado con éxito más de 16,000 genomas de COVID-19 que contribuyen tanto a la vigilancia genómica a nivel nacional como a la participación en investigaciones de brotes locales donde la genómica ayudó a rastrear la propagación del virus entre las personas e informar los esfuerzos de control de infecciones. Matthew hablará sobre el desafío de crear y mantener un entorno de software de producción, a medida que lo usa, en un panorama de rápido desarrollo y en constante evolución.
El Dr. Matthew Bashton es biólogo computacional, con amplia experiencia en informática clínica, bioquímica y bioquímica, con experiencia específica en las áreas de dominios de proteínas, estructura y función de proteínas, interacciones de ligandos y proteínas, análisis de secuencias de alto rendimiento, análisis de genomas y biomarcadores. descubrimiento.
Matthew hizo una licenciatura en Bioquímica en la Universidad de Newcastle; su doctorado fue en el área de genómica estructural en el Laboratorio de Biología Molecular MRC en Cambridge en el grupo del Dr. Cyrus Cothia FRS. Su doctorado se centró en cómo las diferentes familias de dominios de proteínas se unen geométrica y gramaticalmente para realizar funciones a nivel de proteína completa.
Matthew trabajó como investigador. Fellow en el Grupo de la Profesora Dame Janet Thornton FRS en el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI); aquí formó parte del Consorcio del Centro del Medio Oeste para la Genómica Estructural (MCSG) financiado por el Departamento de Energía de EE. UU. Durante su estancia en el EBI, Matthew desarrolló la base de datos PROCOGNATE, que relaciona las familias de dominios proteicos con el rango de ligandos cognados a los que se unen. También trabajó en el Detector de Subgrafos Moleculares Pequeños (SMSD), que permite la similitud química y la coincidencia de fragmentos basada en grafos 2D de forma rápida y precisa. Después de su tiempo en el EBI, Matthew trabajó en la Unidad de Apoyo a la Bioinformática de la Universidad de Newcastle, donde adquirió una amplia experiencia trabajando con datos de secuenciación de alto rendimiento (HTS) en una gama de proyectos ómicos con muchos IP diferentes en la facultad de medicina. Luego pasó a la investigación genómica del cáncer trabajando en el Instituto Norte de Investigación del Cáncer (NICR) en Newcastle, donde desarrolló una variedad de líneas de análisis de HPC para el análisis del genoma somático y del exoma, junto con proyectos de clasificación de subgrupos y riesgos basados en biomarcadores sobre tumores cerebrales pediátricos y leucemia.
Matthew ahora trabaja en el Centro multidisciplinario de Biotecnología en el Entorno Construido (HBBE), trabajando con una variedad de diseñadores, arquitectos, ingenieros y biólogos sintéticos y moleculares para mejorar la construcción de edificios, la sostenibilidad y la salud ambiental del entorno construido utilizando la biología.
En 2020-2021, Matthew se convirtió en miembro del esfuerzo de genómica de COVID-19 del Reino Unido, trabajando junto con un equipo de la Universidad de Northumbria para secuenciar 16,000 19 genomas de COVID-7 de XNUMX hospitales diferentes del noreste y Cumbria.
